En 1554, los habitantes indígenas, encabezados por Juan de la Cruz Fernández, solicitaron al Virrey Luis de Velasco la fundación legal de la población. El 2 de enero de 1555, se emitió una cédula que estableció el pueblo con el nombre de Santa Ana Sitquije. Posteriormente, el nombre cambió a Santa Ana Maya, aunque se desconocen las razones exactas de esta modificación.
Durante la época colonial, Santa Ana Maya formó parte del partido de Cuitzeo. El 10 de abril de 1868, se constituyó oficialmente como municipio, obteniendo autonomía política y administrativa.
En la actualidad, Santa Ana Maya es reconocida por su patrimonio cultural y tradiciones, reflejadas en festividades locales y en la vida cotidiana de sus habitantes. La plaza principal del municipio es un punto de encuentro que refleja la historia y la identidad de la comunidad.
